蒙古高原历史上的东蒙古达达部落与西蒙古瓦剌部族长期对立,双方分别以黄金家族蒙古汗统为名争夺正统。瓦剌部族的托欢太师于1434年击败达达,其子也先更在土木堡之战俘虏明英宗,最终篡夺黄金家族汗位,成为首个非黄金家族出身的蒙古大汗,但仅一年后即被部下所杀,导致蒙古高原陷入分裂。
东蒙古在达延汗(成吉思汗后裔传承)统治下短暂统一,分封左右翼诸部,形成漠南与漠北蒙古雏形。其八世孙林丹汗联合明朝对抗女真后金政权崛起,却遭皇太极击败,漠南蒙古归附后金。漠北喀尔喀蒙古因受漠西卫拉特联盟威胁,最终归顺清朝。
漠西卫拉特联盟的准格尔汗国一度强盛,威胁清朝,但被康熙、乾隆两代帝王剿灭。其余部如和硕特部占据青藏,杜尔伯特部东迁,图尔扈特部西迁后回归。清朝以蒙旗制度管理蒙古,保留外蒙古喀尔喀三部的汗位,但黄金家族蒙古汗统于1923年随蒙古人民共和国建立被废除,终结了自1206年成吉思汗起延续717年的正统传承。