朱棣通过靖难之役攻入南京后,建文帝自焚失踪,留下四百多名官员弃官逃亡,仅二十四人投降。面对建文遗臣的抵制,朱棣为巩固政权,展开追治奸党运动,重点打击曾主张削藩的黄子澄、齐泰等人,并株连九族以震慑反对势力。
方孝孺作为建文朝文臣领袖,因拒绝为朱棣撰写登基诏书,触怒朱棣,成为历史上唯一被株连十族的案例。其门生、朋友被划为第十族,八百余人遇害。朱棣对其他忠臣如高翔、景清等人也实施瓜蔓抄等残酷刑罚,甚至将官员家属充入教坊司,显露其政治镇压手段的极端性。
尽管朱棣以“清君侧”名义夺位,但其杀戮行为引发后世争议。他刻意区分文臣与武臣,通过诛杀文臣树立权威,同时启用投降官员如杨荣、陈瑛辅政。与朱元璋诛杀功臣不同,朱棣镇压的对象是忠于儒家的文臣群体,导致其在史书中备受批评。
永乐年号的确立标志着明朝权力更迭,但朱棣的统治始终笼罩在血腥阴影下。他虽以残酷手段震慑反对者,却难掩政治合法性的争议。后续统治中,朱棣仍需通过治理与制度重建巩固政权,为明朝发展埋下复杂伏笔。