袁世凯为镇压护国军反帝制行动,调遣军队至四川、上海等地,但北军在四川遭遇失利。广西、广东、浙江等省相继宣布独立反袁事件,陈树藩占领陕西,山东民军占据周村等地。日本、英国等五国公使联合劝告袁世凯暂缓称帝,迫于压力,袁世凯最终取消帝制运动,重新启用黎元洪、徐世昌等人协调与护国军谈判。
袁世凯病逝后,黎元洪代行总统职权,恢复临时约法并召集国会,独立省份陆续取消,临时军务院管理机构撤销。然而,北方政府权威薄弱,徐州各省代表集会由张勋主导,全国政局重心分散。南方要求袁世凯退位期间,江苏将军主张联合未独立省份协调立场,但因袁世凯去世未果。
各地势力缺乏共识,导致复辟护法战争爆发,为后续军阀混战隐患根源埋下伏笔。护国军曾以精卫填海之志呼吁各省觉醒,但多数势力仍持观望态度,未能形成统一的政治合力。最终,帝制运动虽表面平息,但政权更迭中的矛盾为民国初期动荡局势埋下长期伏笔。